C'est classique. J'ai le même soucis. En fait, ton garmin il enregistre des "track". Quand il s'éteint, ou qu'il perd trop longtemps le signal, il peut considérer ça comme une coupure et te fait 2 "tracks" séparés. Et souvent, les moulinettes ne prennent qu'un seul "track". Heureusement, il existe une solution: recoller les "track". Par exemple, avec gpsbabel (d'autres outils doivent le faire, je n'utilise que celui personnellement):
gpsbabel -t -i igc -f tonfichier.igc -x track,merge,title="merged" -o igc -F nouveaufichier.igc
Ensuite, tu donnes ce igc à ta moulinette préférée, ça devrait fonctionner correctement.
Pour les points aberrants, c'est normal aussi. Si ton GPS perd un peu de précision, il peut placer un point à 50m de ta position correcte, ce qui peut fausser le calcul de vitesse. Là encore, gpsbabel te permet de filtrer ces points. Je te laisse lire
la doc sur le filtre "discard", que je n'ai jamais utilisé personnellement... Mais tu peux par exemple lui dire de ne garder que les points dont les mesures se basent sur au moins X satellites...
Bon courage