C'est bizarre, j'ai toujours justement trouvé super pratique que Logfly prenne bien tous les sous-répertoires d'office

- mon Skytraxx sauve aussi les jours dans des dossiers différents (Année/Mois/Jour/liste des *.igc du jour)
- logfly récupère bien tous les vols, même depuis le plus haut niveau de l'arborescence
Je ne récupère pas directement sur le skytraxx, mais copie les fichiers en local d'abord, et suis sous OSX, je ne sais pas si cela explique la différence avec ce que tu observes.